蒙古国立教育大学孔子学院经前国家汉办在2010年1月批准设立，由蒙古国立教育大学和东北师范大学合作创办。两校于2010年10月签署合作协议后，学院于2010年12月20日举行揭牌仪式启动运营，至今已经运营满13年时间。

蒙古国立教育大学孔子学院设置理事会和办公室两级机构，理事会现任外方理事长为蒙古国立教育大学校长巴图巴特尔（J. Batbaatar）教授，中方理事长为东北师范大学校长徐海阳教授。理事会下设行政办公室，任命蒙方和中方院长，负责管理和组织汉语教学、学术研究、日常行政、人士安排、合作与交流、文化活动等工作。

蒙古国立教育大学孔子学院现有独立办公场地100余平方米，独立教学场地30余平方米，共用教学和文化活动场所面积350余平方米，拥有图书资料6,000余册，以及必要的办公和教学设备设施。学院现有中方人员5人，包括一名中方院长、两名公派教师和两名汉语教师志愿者，有本土人员4人，包括一名蒙方院长、一名本土专职教师兼教务秘书和两名本土兼职教师。

蒙古国立教育大学孔子学院在13年的运营中实现了跨越式发展。2014年9月由孔子学院的前身孔子课堂升格为孔子学院，并确立了培养蒙古本土中教师的特色发展方向。学院向前国家汉办申请设立、由两校合作发展的2+2蒙古汉语师范专业项目自2015年实施以来，已经派往东师240余名学生，培养了70余名蒙古本土中文教师。

除了本土中文教师，蒙古国立教育大学孔子学院其他主要工作还包括培养为大学和社区开设多层次多类型汉语学分和非学分课程、组织HSK/HSKK考试、培训蒙古在岗本土汉语教师、编写蒙古汉语教材、选拔和推荐国际中文教师奖学金学生、进行汉语语言文化和蒙古国中文教育研究、落实语合中心中文教育项目、促进蒙古国立教育大学和东北师范大学的校际合作交流等。13年来主要成绩有：中文课程培训学生6500多人次，本土教师培训项目培训教师500多人次，组织HSK笔试和口语考试考生上万人次，编写教材10余部。

学院的发展目标是建成高水平孔子学院，致力于蒙古中文教学本土化内涵化发展，培养蒙古高水平本土中文教师，提高蒙古中文教育水平，推动中蒙教育文化深度交流合作，为发展中蒙友好关系做贡献。